Offres d'emploi et de stages

• Un poste de COORDINATEUR.TRICE D’UNE PLATEFORME EN METABOLOMIQUE VEGETALE est à pourvoir sur P2M2 en 2024, pour un démarrage au 1er Septembre 2024

Contact: Alain Bouchereau, alain.bouchereau@univ-rennes.fr

Durée: CDD d'1 an renouvelable, avec possibilité de CDI par la suite

Poste: Ingénieur de recherche, rattaché à l'Université de Rennes et hébergé à l'institut de génétique environnement et protection des plantes (IGEPP, UMR 1349 INRAE, Université Rennes, Institut Agro)

VOTRE MISSION
Rattaché.e au responsable scientifique de P2M2, vous assurerez la responsabilité technique et opérationnelle de cette plateforme. A ce titre, vous aurez en charge l’animation, l’organisation et la gestion technique des activités, des moyens et des technologies liés à son fonctionnement. Vous interagirez avec les managers scientifiques, les personnels de la plateforme, les directions d’unités de recherche et leurs tutelles, les partenaires académiques ou privés.

Profil recherché: Nous recherchons des profils avec une formation en chimie organique et analytique et des compétences en biochimie metabolique/phytochimie, en chromatographie et en spectrométrie de masse. Une maîtrise des outils analytiques dédiés au profilage métabolique et aux analyses de données de métabolomiques sera attendue. Des connaissances dans la gestion de la qualité seront un plus.

Conditions particulières d’exercice :
- Encadrement fonctionnel d’une équipe technique (3 à 4 personnes)
- Déplacements ponctuels au niveau national
- Emploi localisé sur le site de l’INRAE au Rheu (périphérie ouest de Rennes)

• Offre de stage de Master 1 (Avril-Juin 2024) sur la modélisation des flux métaboliques chez les végétaux assistée par le logiciel Influx_si

La plateforme P2M2-MetaboHUB et l’équipe RCA (IGEPP) ont récemment acquis plusieurs jeux de données de marquages isotopiques ¹³C et ¹⁵N réalisés sur des feuilles de colza. Ces données ont mis en évidence des fonctionnements métaboliques très contrastés en fonction de l'âge des feuilles de colza et de l'environnement extérieur (lumière/obscurité). Il s'agit maintenant de capitaliser sur ces différences de marquages isotopiques afin de modéliser les flux métaboliques associés. L’objectif du stage est d’utiliser le logiciel Influx_si (https://influx-si.readthedocs.io/en/latest/) de l’infrastructure nationale MetaboHUB afin de développer son usage pour la modélisation des flux métaboliques chez les plantes, et notamment le colza. L'objectif du stage est d'utiliser une « approche locale » de modélisation proposée par le logiciel influx_si, qui présente l'avantage de considérer un réseau métabolique simplifié mais qui ne prend pas en compte la compartimentation subcellulaire associée au métabolisme végétal. Par la suite, il sera envisageable de modéliser les flux parcourant plusieurs réactions d'un même réseau de façon locale mais aussi d'observer l'impact de l'ajout de la compartimentation sur les valeurs de flux modélisés par le logiciel.

Contacts: Younès Dellero, younes.dellero@inrae.fr ; Olivier Filangi, olivier.filangi@inrae.fr

• Offre de stage de Master 1 (Avril-Juin 2024) sur le développement d’une Interface R Shiny pour l'analyse des interactions entre des peptides et des polyphénols

Les polyphénols sont des petites molécules qui interagissent facilement via des mécanismes d’oxydation avec d’autres constituants des matrices alimentaires dont les protéines. L’enjeu est d’identifier les adduits réactionnels entre les assemblages d’acides aminés (peptides) et des polyphénols et a fortiori d’annoter de tels signaux dans une analyse métabolomique non ciblée. L'objectif du stage est de développer une application graphique R Shiny capable de générer un rapport d'analyse confrontant les informations expérimentales générées par l'appareillage d'acquisition chimique (UHPLC-HR-Orbitrap MS) de la plateforme P2M2 avec une base d'informations théoriques construite in-silico.

Contacts: Kévin Billet, kevin.billet@inrae.fr ; Olivier Filangi, olivier.filangi@inrae.fr